Ve Vodňanech se dochoval cenný hradební systém kolem původního historického města, včetně zbytků bašt, hradeb, příkopů, zdí a parkánů. Hradební systém se dochoval na většině obvodu města, zejména na západní a jižní straně i s několika hranolovými baštami. Památková ochrana se vztahuje na hlavní hradbu, parkánovou hradbu, vnější obezdívku příkopu a na parkán a příkop v celém rozsahu. Dále se památková ochrana vztahuje na bašty v parkánu a na hradební věže. Dochovalý hradební systém je zaznačen v katastrální mapě a je rozdělen do sedmi úseků (I.-VII). Město bylo obehnáno z větší části trojnásobným věncem hradebních zdí, z nichž dvě bližší vnitřní, uzavírají parkán, obě vnější příkop. Příkop býval v průměru 12 m široký, do kterého se vstupovalo z hlavní, asi 5 m vysoké hradební zdi a 11 čtvercových bašt.