Zlatokorunské opatství neprošlo v barokní době razantní přestavbou do podoby reprezentativní prelatury, jako v řadě jiných klášterů, ale zachovalo si tak vzácně svou původní dispoziční strukturu a do značné míry i hmotovou skladbu. Jádro opatské rezidence pochází z druhé poloviny 13. století, přičemž je pravděpodobné, že v místech pozdější opatské zahrady se rozkládala další (snad hostinská?) část opatství, jež zanikla asi po husitských válkách. Západně od opatství (zřejmě v místech dnešního pivovaru) pak lze předpokládat existenci domu fundátorů, který je v typově obdobné pozici doložen i v některých jiných cisterciáckých klášterech. V první polovině 14. století byl opatský dům na východě rozšířen o další trakt, který obsahoval dodnes zachovalou osmibokou opatskou kapli, jež vyniká svou architektonickou elegancí. Dále byl na severní straně přistavěn dům pro hosty. Pro kapli v opatství z doby kolem poloviny 14. století byl užit osmiboký půdorys, tedy centrála, jež byla ve středověku vzácností a odvozovala se od kaple Karla Velikého v Cáchách z 8. století. Také klenba, jejíž žebra sbíhají až k podlaze, snad byla komponována na pomyslné vepsané kouli spočívající na podlaze. Unikátnost kaple podtrhují nedávné nálezy zbytků malované výzdoby kaple, které jsou dalším příkladem pronikání figurální malby do cisterciáckého prostředí v průběhu 13. a 14. století. Své stopy, avšak ne vždy ušlechtilé, zanechaly na kapli i pozdější věky: na počátku 17. století byla zvýšena podlaha a z horní opatské síně proražen nový (tj. dnešní) hlavní vstup, přičemž byla kaple opatřena novou renesanční výmalbou. O půl století později byla zaslepena dvě z kružbových oken kaple v důsledku dostavby severovýchodního rohu opatské budovy. Po polovině 18. století přibyla další vrstva interiérových maleb. V letech 2012–2013 proběhla kompletní oprava kaple. Zdá se, že po husitských válkách, kdy byl klášter na čas opuštěn, bylo opatství obyvatelné, jak napovídají torza dochovaných interiérových maleb v opatství ze sklonku 15. století. Obnovu opatství zahájil až opat Hölderle (1579–1608), který mj. nechal všechny místnosti zaklenout. V další fázi oprav v 70. letech 17. století byla v blízkosti opatství znovu postavena opatská kuchyně, jejíž mohutný dymník se tu zdvihal do konce 19. století, kdy byla kuchyně stržena. Opatův dům byl směrem k východu rozšířen o patrovou přístavbu, obsahující v přízemí oranžerii. Také tato část opatství bohužel nepřežila 19. století. Další změnou, související s přesunem řeholníků z malého konventu do nově opraveného velkého konventu na přelomu 17. a 18. století, byla změna přístupu do opatské rezidence z nádvoří před malým konventem. Nejvýznamnější malba velkorysého rozvrhu vyplňuje klenbu v reprezentační hale v patře, odkud se mj. vstupuje do opatské kaple a opatova bytu, kde je zpodobněna legenda o založení zlatokorunského kláštera. Po zrušení kláštera bylo opatství využíváno velmi utilitárně: na konci 18. století se ve staré opatské kuchyni pro vojenské bělidlo vařila potaš. V budově opatství byly po roce 1787 zřízeny kanceláře a byty úředníků a poté zde bydlely rodiny továrníků. Pro bydlení se budova zčásti využívala i po druhé světové válce. Řada utilitárních stavebních úprav i závažných statických poruch byla postupně odstraňována v několika etapách oprav od počátku 20. století. Velmi intenzivní obnovou, spojenou s významnými stavebně-historickými objevy, prochází opatství od roku 1996. V roce 1954 bylo v opatství umístěno oddělení historických fondů Státní studijní knihovny dr. Zdeňka Nejedlého, kam byly sváženy cenné knižní sbírky jihočeských církevních institucí.