Budova malého konventu byla postavena ve středověku nejspíše jako nemocnice pro mnichy (infirmarium). V roce 1420, kdy byl klášterní kostel s přilehlým velkým konventem vyplundrován, se konvent rozprchl a navrátil se zřejmě až 1437. Není jisté, zda se pak řeholníci usadili již v této budově, či zda spíš obývali opatskou budovu. Na sklonku 16. století je řeč o tom, že tehdejší opat Hölderle vystavěl východní část dnešního malého konventu. Zatímco v patře budovy se nacházel dormitář mnichů, v přízemí byla kuchyně, spíž a refektář, jenž byl umístěn v Hölderlově starší části budovy. Po přesunu mnichů do opraveného velkého konventu na přelomu 17. a 18. století zde umístili noviciát. Refektář se za doby na sklonku existence kláštera proměnil v „rekreační sál“, pod nímž byla v zaklenuté suterénní prostoře zřídili ptáčnici, kterou nechal Bylanský upravit do dnešní podoby grotty s malbami ptactva a stylizovanými štukovými krápníky. Ptáčnice ve Zlaté Koruně patří u nás mezi vzácně zachované prostory svého druhu. Po zrušení kláštera byl bývalý refektář využit pro lesnickou školu (1796–1844) a ostatní části malého konventu posloužily jako byty úředníků a poté továrních dělníků. V sále přízemí Schönbeckova traktu bylo zřízeno v polovině 20. století lapidárium a za tím účelem sem byly v roce 1940 přesunuty opatské náhrobky z kapitulní síně, kde byly umístěny od roku 1895 po vyzdvižení z podlahy klášterního kostela.