Kaple sv. Anny je umístěna na bývalém hřbitově za historickým jádrem městečka, jak bývalo z hygienických důvodů obvyklé. (srov. plán Protivína na mapě rybníků a vodních toků panství Protivín z roku 1765, publikovaný v knize A. Kolafové, Dějiny města Protivína, s. 21) Kaple je na obdélném půdoryse, z něhož na severní, jižní a východní straně vystupují tři apsidy kryté plechovou krytinou. Sedlová střecha je na východní straně zvalbená, krytá staršími bobrovkami kladenými na korunu. Uprostřed hřebene střechy je umístěn sanktusník pobitý plechem, který vrcholí jednoduchým patriarším křížem. Kaple se k silnici obrací západním – vstupním průčelím s trojúhelným štítem, uprostřed něhož je okulus postavený na výšku. Štít je oddělen profilovanou římsou krytou bobrovkami. Římsa obíhá zbytek stavby jako podstřešní. K severnímu boku kaple byly připojena přístavba se schody na kůr. Na severní straně přístavku jsou dvě obdélná vpadlá pole. V pravém z nich je umístěna kamenná náhrobní deska s vytesaným křížem a lebkou se zkříženými hnáty. Vstup je ze západní strany dřevěnými výplňovými dveřmi s obdélným nadsvětlíkem členěným do šesti tabulek. Schody jsou dřevěné, strop nad nimi je plochý.