Ke kostelu nepatřila samostatná fara, bohoslužby vykonávali kněží od kostela Nanebevzetí Panny Marie. Jednalo se o jednolodní budovu s věží, umístěnou mezi silnicí a řekou. Kostel prošel četnými přestavbami, zásadnější před r. 1700. Kostel byl zrušen za josefínských reforem a budova byla v roce 1788 prodána. Od roku 1801 budova kostela sloužila jako divadlo, kdy byla loď adaptována na hlediště a presbytář na jeviště. O opětovném používaní kostela jako modlitebny bylo rozhodnuto roku 1814. Začátkem 30. let 19. století se do budovy vrátilo divadlo. Dne 6. 8.1850 došlo k rozsáhlému požáru a jeho místě bylo vystavěno divadlo, které plnilo svoji funkci v letech 1854-1928. Roku 1929 byl objekt zbořen. Na základě kostela sv. Jana Křtitele se přilehlá část Chrudimi nazývá Janské předměstí či Jansko.