Podle královského rozkazu (a s jeho povolením) z roku 1237 měla být všechna tržní místa, městečka a města ohrazená. Opevňování města Jindřichova Hradce započalo stavbou příkopu patrně koncem 13. století (podle listiny z roku 1294). Při kopání příkopu došlo k obrovským přesunům zeminy, která byla využita při zarovnávání nerovností ve městě (při ústí Rybničního mostu, náměstí), dále pak ke stavbě dvojitého valu a k vysušování bahen v místech dnešního kostela sv. Trojice. Příkop měřil na délku (dle tehdejších měr) 370 velkých kroků, široký byl 30 kroků a zahlouben byl 12 až 13 loktů, proti svahu i více. V některých místech byl příkop ještě opevněn palisádou a při nebezpečí byly stavěny ploty z proutí a z trní. Parkánová zeď byla stavěna z lomové žuly. Horní část byla zakončena cimbuřím a pavlačí se střílnami, nesenou na krakorcích. Toto opevnění bylo využito hlavně pod kostelem sv. Jana Křtitele, kde byl přístup k městu nejsnazší. Nad parkánem se tyčila hlavní městská zeď. U ní byly stavěny domky se štíty směrem k příkopu, v dolní části bez oken a vikýři pro obranu. Tyto domky stály jeden vedle druhého podél celých hradeb, tvořící úzkou uličku nazývanou "při příkopu" či "příkopní". V domech při severní hradbě sídlili střelci, kteří cvičili v příkopu jižně od Pražské brány. Hradby byly proloženy čtverhrannými i okrouhlými baštami, nesoucími šindelové střechy. Dvě dvojice takovýchto hranatých věží stály u Vídeňské brány. Dodnes se nad malým Vajgarem vypíná jedna z nich. Další bašty tohoto typu najdeme i pod kostelem sv. Jana Křtitele. Nejsilněji opevněné věže pak stály v okolí Nežárecké brány. Z nich nejmohutnější byla věž Pluhova, pojmenovaná pravděpodobně po staviteli Oldřichu Pluhovi. V základech bašt prý byly vykopány studny. Vstup do města zajišťovaly tři hlavní brány a dvě malé branky. Brány byly průjezdového typu a nesly jména: Pražská (později zvaná Novoměstská), Nežárská (Třeboňská, Linecká, či Červená, dnes Nežárecká) a Rybnická (Vídeňská). Dodnes se zachovala pouze Nežárská brána u níž je jedna ze zmiňovaných branek. Brány byly osazeny dvojitými vraty (s kovanou závorou) a mříží , které ovládal branný (podbranný, vrátný), který měl svou obytnou kobku nad průjezdem. Za bránou ještě byly umístěny řetězy, které se při dobytí brány natáhly přes cestu. Druhá branka byla na nábřeží Vajgaru, při sv. Janu Křtiteli a jmenovala se Solní branka. O kvalitě výše popisovaného obranného systému svědčí zejména to, že město za celou dobu jeho existence nebylo dobyto, město odolalo během husitských rebelií roku 1434 a mezi léty 1618 - 1620 ustálo tři útoky císařských pod vedením generálů Dampierra a Buquoye.