Z důvodu co nejmenšího namáhání koní při přepravě bylo nutné vytýčit a zbudovat trať s co nejmenšími výškovými rozdíly. Aby se trať neprodlužovala obcházením terénních nerovností a byla přímější, byla výškově vyrovnávána budováním zářezů a náspů. Spodní šířka zářezu byla 4,70 m, sklon svahů od 45 do 60°. Šířka byla takto určena, aby po stranách vlastní tratě bylo místo pro odklízení sněhu a pro rigoly na odvodnění zářezu. Vytěžený materiál z výkopů zářezů byl následně používán pro zřizování náspů. Spodní šířka zářezu byla 4,70 m, sklon svahů pak od 45 do 60°. Šířka byla takto určena, aby po stranách vlastní tratě bylo místo pro odklízení sněhu a pro rigoly na odvodnění zářezu. Náspy byly z důvodu únosnosti opatřovány uvnitř v místech pod kolejnicemi zdmi, založenými na pevném podkladu a dosahovaly až ke koruně náspů. Zídky, stavěné z kamene nasucho, byly dvě (pod každou kolejí), jejich horní šířka byla zpočátku 47,5 cm, později na přímých úsecích byly zúženy na 31,5 cm, v obloucích na 40 cm. Vzdálenost obou zídek byla cca 110 cm. Ve vysokých náspech však docházelo k bočnímu vychylování zídek. Proto bylo v dalších úsecích tratě přistoupeno ke konstrukčnímu řešení celého kamenného jádra. Tato technologie byla použita při výstavbě úseků mezi Budějovicemi a Zvíkovem a mezi Omlenicemi a Pramhöfem. Ve středu náspu vedla trať tvořená kolejemi, umístěnými na příčných pražcích. Prostor mezi kolejnicemi byl vyštěrkován a překryt hrubým pískem pro snadný pohyb tažných koní.