Areál kostela sv. Mikuláše se nachází jižně od Všebořické ulice, na východní straně bývalé všebořické návsi, z které se dnes stala křižovatka ulic Lipové a Nad vodojemem. Na západní straně návsi býval areál renesančního všebořického zámku. Areál kostela tvoří vlastní 1. kostel sv. Mikuláše a kolem něho obíhající 2. ohradní zeď s branou a brankou. Ohrazený prostor kolem kostela býval dříve hřbitovem, k němu patřila kostnice a márnice přistavěná na východní straně k ohradní zdi. Dnes je zachována v torzu na p. č. 3, není však kulturní památkou.