Plavební kanál vedl z Flájí do německého Clausnitzu. Jeho celková délka byla 18,2 kilometrů. Šířka byla v různých částech různá - od 280 cm do 180 cm, hloubka 120 cm. Hlavním zdrojem vody byl Flájský potok. Dnešní podoba kanálu na našem území je nejednotná. Počátek kanálu již neexistuje, neboť se nacházel v oblasti, zatopené flájskou přehradou. Současný počátek je pouze málo patrnou stopou v terénu, avšak za poměrně malým úsekem již pokračuje jako zjevný kanál. Jde o vyhloubení v terénu, lemované na levé straně kameny vyztuženou hrází, po níž vede stezka. V některých úsecích byl kanál zpevněn kameny, u Českého Jiřetína je část kanálu vyhloubena ve skále. Některé části kanálu jsou zaplněné vodou, jinde je kanál suchý. Dochovalo se také několik propustků. V části nad obcí Český Jiřetín jsou úseky, vedoucí přes dnešní luční porosty, zcela zaniklé. Poté však kanál již opět v terénu poměrně dobře patrný dále pokračuje až ke státní hranici, kde opouští naše území a pokračuje do Německa. Údaje o stavu kanálu, publikované v souhrnné zprávě materiálu „Záchrana a částečná obnova plavebního kanálu Fláje – Clausnitz na území ČR“ z roku 2000: celková délka zachovaného plavebního kanálu na území ČR 7600 m, délka průtočné části 1575 m, délka části se zachovanou stojatou vodou 175 m, délka suché části zachovaného kanálu 625 m, délka suché části silně poškozeného kanálu 462 m.