Kaple se nachází v již částečně zaniklém areálu městských Lázní sv. Markéty. Lázně jsou situovány jižním směrem od města Prachatice. Kaple je čistě pseudogotická zděná stavba ze smíšeného zdiva, postavená na čtvercovém půdorysu s mírně zúženým čtvercovým presbytářem, orientovaná k jihozápadu. Hladké vstupní průčelí je prolomeno vysokým hrotitým portálem bez ostění, uzavřeným na vnějším líci dvoukřídlými masivními dveřmi s gotizujícím kováním a původně krabicovým zámkem (zcizený). Nadpraží je uzavřeno proskleným rámem s dřevěným motivem kvadrilobu a dvou rozet. Portál lemuje mohutný kamenný portikus v podobě hrotitého odstupněného portálu s vyžlabeným ostěním, završený kamennou sedlovou stříškou s profilovanou římsou, z vrcholu vyrůstá kamenný rovnoramenný kříž. Průčelí ukončuje profilovaná korunní římsa (spíše barokní profilace), obíhající celou hmotu kaple. Hladká boční stěna je prolomena vysokým hrotitým oknem s profilovanou špaletou imitující kamenné ostění, zkosený a mírně profilovaný parapet. Shodným oknem je prolomen i čtvercový, mírně zúžený presbytář s rovným závěrem. Stěna závěru je hladká, nečleněná. Nároží lodi i presbytáře zesilují gotizující dvoustupňové opěráky s kamennými deskami na jednotlivých stupních. Hmota kaple stojí na nízkém kamenném soklu, vyrovnávajícím nerovnost terénu. Loď ukončuje poměrně hmotná oplechovaná jehlancová střecha s rozšířenou základnou, ve vrcholu štíhlá oplechovaná hranolová zvonička s hrotitě otevřenými stěnami a štíhlou oplechovanou jehlancovou vrcholovou stříškou (zvonička toho času zřícená, leží vedle kaple). Loď ukončuje sedlová, nad závěrem zvalbená, rovněž oplechovaná střecha bez sanktusníku. Památková ochrana se vztahuje na kapli včetně pozemku.