Kostel sv. Štěpána v Malešovicích se nachází v centru obce mezi zástavbou ve středu návsi. Jedná se o přibližně orientovanou podélnou jednolodní stavbu s podlouhlou lodí, na niž navazuje nepatrně, jen ze severní strany ustoupený presbytář s polygonálním závěrem, podporovaným na nárožích stupňovitými opěráky završenými zděnou pultovou stříškou. K jižní stěně lodi, téměř v polovině délky, je přistavěna hranolová věž, zakončená atikou obehnanou zděnou osmibokou jehlancovou helmicí. Zleva se k ní a lodi přimyká velký patrový přístavek schodiště. K severní zdi lodi a presbytáře přiléhá na výšku lodi sakristie, k jižní zdi pak nízká obdélná předsíň. Loď a presbytář jsou kryty jednotnou sedlovou střechou, nad závěrem polygonálně zvalbenou, sakristie valbovou střechou kolmo vybíhající ze střechy lodi. Jižní předsíň je kryta sedlovou střechou, schodiště polovinou střechy valbové. Západní průčelí lodi je rozděleno mohutnou průběžnou korunní římsou, níže ní je obehnáno lizénovým rámem s dvojitými pilastry na nárožích, opakovanými i z bočních stran obou nároží. Průčelí v ose dominuje velký obloukový výklenek se stupňovitou šambránou, do něhož je vsazen pravoúhlý portál hlavního vstupu s kamenným ostěním. Nad výklenkem je ve štuku provedeno slepé kruhové okno. Štít je členěn vpadlinami a v ose prolomen kruhovým oknem, na nárožích stojí podstavce pro dekorativní vázy. Průčelí je završeno stupňovitým trojúhelníkovým štítem. Hladké fasády lodi jsou prolomeny v pěti osách obdélnými okny se segmentovým záklenkem, lemovanými ústupkovou šambránou (první tři jižní okna jsou zakryta schodištěm a věží). Presbytář je osvětlen stejnými, o něco menšími okny po jedné ose v bočních a v kosých stěnách závěru (v kosých stěnách bez šambrán). Ve východní stěně kněžiště je malé kruhové okno. Věž má na jižní straně v přízemí zazděn segmentový portál dřívějšího vstupu, před ním je postaven kamenný kříž obehnaný balustrádou. V rozích jsou ponechány jen větrací otvory. Nad portálem jsou v ose věže ve dvou úrovních štěrbinová okénka, ve zvonicovém patře pak ze všech čtyř stran okno s půlkruhovým záklenkem kryté žaluziemi, nad ním vždy ciferník hodin. Nad ciferníky věž zakončuje mírně vysazená atika. Jehlancová přilbice je završena makovicí a dvojitým křížem. Sakristie má ve východní zdi malé obdélné okno, vysoko nad ním oválné okénko naležato, v západní zdi ve stejné výšce naležato oválné okénko nepravidelného tvaru. V severní zdi sakristie je v úrovni terénu obdélné okno, patrně vsyp do kostnice. Průčelí předsíně jižního vstupu je prolomeno obdélným portálem v segmentovém výklenku, boční stěny segmentovými okénky. Nad portálem je průčelí završeno trojúhelníkovým štítem. Přístavek schodiště do věže a na kruchtu je z jihu prolomen malým segmentovým okénkem v přízemí a velkým čtvercovým oknem se segmentovým záklenkem v patře. Vstup na schodiště je ze západní strany. Hlavní vstup do lodi je veden přes západní průčelí pod hudební kruchtou. Loď je sklenuta valeně s výsečemi v pěti osách, klenba dosedá na pilastry s římsovými hlavicemi. Presbytář, zaklenutý krátkým úsekem valené klenby s výsečemi a mělkou konchou, se otevírá do lodi půlkruhovým vítězným obloukem. Vedlejší vstup do kostela je na jižní straně presbytáře, přes nízkou předsíň zaklenutou valenou klenbou. V severní zdi je vstup do sakristie kamenným sedlovým portálkem se zkosenou hranou přecházející projmutým splávkem s podvalkem do hranolové patky. Sakristie je sklenutá do železných nosníků. Podvěží, původní jižní vstup upravený dnes na kapli, je přístupné z lodi segmentovým otvorem v jižní zdi, zaklenuto je valeně se styčnými výsečemi. V západní části lodi je hudební kruchta s varhanami, jejíž čelo nesou litinové sloupky.