Kostel sv. Petra a sv. Pavla stojí v bezprostřední blízkosti Žižkova náměstí (severozápadní strana), na menším prostranství zvaném Kostelní náměstí. Kostel je orientované halové trojlodí s přiléhající hranolovou věží na jihovýchodním nároží a přistavěnou severní boční lodí. Střecha kostela je sedlová, krytá bonským šindelem, doplněná nad východním závěrem sanktusníkem a nad západním koncem stanovou střechou s lucernou a plechovým jehlancem. Věž je kryta strmou jehlancovou střechou s plechem, na nárožích akcentovanou čtveřicí kuželově zakončených věžiček. Střechy jsou doplněny o řadu vikýřů pocházejících převážně z novodobých úprav. Zdivo je z režného lomového kamene, nároží a opěráky jsou armovány hladce opracovanými kvádry. Fasády jsou ve spodní části členěné lomenými arkádami s dodatečně vsazenými náhrobky. Lomená okna jsou umístěná mezi přízedními opěráky. Severozápadní nároží kostela bylo při restauraci 1908-11 pojednáno jako samostatná část zakončená historizujícími obloučkovými štíty, které jsou členěny podobně jako požární štítová zeď nad středem lodi. Vstupní portál na západní straně je lomený se segmentovým nástavcem zdobeným figurálním reliéfem. Interiér se 3 páry polygonálních sloupů je klenutý ve středu protínavou obkročmou klenbou a na bocích křížovými klenbami. Chór je klenutý žebrovou křížovou klenbou na konzolách. Nad vstupem při západní stěně je umístěna varhanní kruchta na 4 pilířích klenutá přetínavou klenbou. Severní boční loď přístupná lomenou arkádou je klenutá křížovou klenbou. Kostel svojí urbanistickou a architektonickou dispozicí tvoří hlavní dominantu Čáslavi, především svojí vysokou věží, která se pohledově uplatňuje ze všech světových stran daleko v okolí města. Pozůstatkem hřbitova, který kdysi kostel obklopoval je barokní kamenný kříž stojící v ose gotického závěru kaple Panny Marie Bolestné a architektonické řešení severního předpolí (část někdejšího hřbitova) vymezeného nízkou terasovitou zídkou. Předmětem ochrany je kostel sv. Petra a Pavla, barokní kříž, architektonické řešení severního předpolí a pozemky vymezeného areálu.