V prostoru severně od hřbitova a v severozápadní části současného hřbitova v Pardubičkách se nacházela původní vesnice "Pordobic" – Pardubice, která je datována od počátku 13. století. Ke vsi tehdy patřil nejspíše i původní kostel sv. Jiljí se hřbitovem umístěný jihovýchodně od vsi a opevňující příkop. Po příchodu cyriaků, po roce 1256, byla zahájena výstavba nového kostela sv. Bartoloměje v severní části zástavby vesnice. Dostavěna však byla a následně fungovala pouze východní část kostela (pozdější presbytář) a nový hřbitov založený jižně od kostela. Především z důvodu změn v zástavbě došlo k přemístění vsi nedaleko jejího původního sídla. Pozdější dostavba lodní části kostela a výstavba nových klášterních objektů v místě hřbitova, jižně od kostela, se uskutečnila nejspíše v období okolo poloviny čtrnáctého století. Loď byla oddělena od presbytáře lettnerem, vzniklý objekt klášterního areálu chránilo nové opevnění. Zánik cyriackého klášterního areálu spojujeme s husitským tažením z dubna r. l421. V celém prostoru zničeného kláštera se potom určitou dobu opět pohřbívalo. Zbytky zděných staveb byly postupně rozebrány za účelem druhotného použití stavebního materiálu. Ke konci 15. století byl nově postavena dřevěná zvonice a současný kostel sv. Jiljí, do kterého byly umístěny náhrobky Arnošta z Hostýně a jeho ženy Adléty. Rozšíření hřbitova severně od zvonice, výstavba domů a četné další úpravy terénu postupně celé místo proměnily tak, že zůstalo nakonec bez jakýchkoliv zjevných pozůstatků z minulosti.