Mikulčický kostel č. 5 se nachází ve východní části akropole v blízkosti severovýchodní brány. Je charakteristický svým velmi atypickým půdorysem ve tvaru lichoběžníku se zaobleným presbytářem. Další jeho zvláštností je také absence pohřebiště. Stavba je datována do přelomu 9. a 10. století. V blízkosti kostela byly nalezeny kovolitecké dílny, které jsou datovány až do 10. století, do doby po zániku hradiska. Vedle kostela byla odhalena původní cesta, která tvořila západovýchodní komunikační osu hradiště a končila u severovýchodní brány.