Kostel č. 6 se nachází v podhradí mikulčického hradiště. Od něj jej oddělovala řeka a most, jehož pozůstatky byly nalezeny při archeologickém výzkumu tohoto kostela. Jedná se o rotundu se dvěma postranními apsidami, její interiér byl vybaven bohatou polychromní výzdobou. V blízkosti kostela bylo nalezeno kolem 200 hrobů, které však neměly bohatou výbavu v podobě zbraní nebo nádob, což svědčí o mladší fázi křesťanského pohřebního ritu. Výjimku tvoří honosnější součásti oděvů, jako jsou zlaté a stříbrné šperky v ženských hrobech a gombíky v mužských hrobech. Na základě datace nálezů se na pohřebišti pohřbívalo v průběhu druhé poloviny 9. století. Mezi významné nálezy patří také předměty z organických materiálů, které se našly při výzkumu říčního koryta u kostela. Kromě dřevěných pilotů samotného mostu se zde našel člun nebo sekery s dochovaným dřevěným toporem.