Kostel sv. Štěpána je situován východně od klášterních budov. Je to orientovaná centrála na půdorysu elipsy. S klášterem je stavebně propojen dvoupodlažní vstupní chodbou vedoucí do východního křídla konventu. Chodba, sloužící jako předsíň, je zaklenuta dvěma křížovými klenbami a osvětlena dvěma okny. Sakristie je osově umístěná v eliptické přístavbě ve východní části. Je zaklenuta valenou klenbou s lunetami a osvětlena jedním oválným oknem umístěném ve východní zdi. Podlaha jej z keramických dlaždic. V severní části je umístěno dřevěné točité schodiště vedoucí na druhé podlaží nad sakristií. Pravoúhlá prostora je osvětlena oknem s půlkruhovým záklenkem ve východní zdi, v západní stěně je oválný otvor osvětlující oltář v presbytáři hlavní lodi. Plochá valbová střecha přechází nad střední částí v stlačenou kupoli a je ukončena polygonálním sanktusníkem s jehlancovou helmicí. Vnější stěny pláště jsou konvex-konkávně zvlněné a jsou členěny svazkovými pilastry na vysokých bosovaných soklech. Římské hlavice nesou úseky kladí a korunní římsu. Symetricky rozložená okna jsou lemována jednoduchými profilovanými šambránami, nad půlkruhovým zakončením je segmentová římsa s vloženým klenákem. V úrovni vlysu jsou osově umístěná oválná okna v bohatých štukových rámech s klenáky vrůstajícími do hlavní římsy.