Středem areálu je prvotní budova univerzity s dochovanou aulou (čp. 541). Ta vznikla ze sloučení několika středověkých domů na rohu ulice Železné ve 13. stol. včetně obranné věže při tržišti. Do objektů byla přeložena mistrovská kolej univerzity, založená Karlem IV. r. 1366. Do r. 1386 byl komplex domů stavebně sjednocen a zvětšen, obranná věž byla odstraněna a o její prostor rozšířena aula. R. 1768 byla ve východním příčném a Kaňkově křídle zřízena knihovna. Jedná se o čtyřkřídlý uzavřený objekt kolem vnitřního dvora se sochou Mistra Jana Husa, původně páté křídlo dnes nahrazeno novostavbou rektorského křídla. Fasáda hlavního průčelí je převážně barokní (přestavba F. M. Kaňky na počátku 18. stol.), s analyticky odhalenými gotickými fragmenty (úpravy Josef Mocker, rok 1882), např. gotický arkýř kaple na polygonální panelované noze. Dnešní vzhled komplexu, zejména jeho východní část včetně navazujícího Rektorského křídla (průčelí směřující do Ovocného trhu), je ovlivněn úpravami a poválečnou přístavbou Jaroslava Fragnera.