Upravená plocha nádvoří situovaného na místě nedokončeného trojlodí chrámu je vymezena tříkřídlým barokním, klasicitně upraveným, objektem na půdoryse U. Původně byl uprostřed solitérní objekt kaple, dnes nedochovaný. Vstup 2 klenutými průjezdy z Jungmanova náměstí, propojení do zaklenutého ambitu kláštera. Před vchodem do chrámu jsou umístěny kamenné sochy sv. Jana z Boha (někdy uváděného jako sv. Petr z Alcantry) a Jana Nepomuckého (1715, J. O. Mayer), sv. Antonína Paduánského (pol. 18. stol., autor neznámý, pravděpodobně socha pochází z Hrdlořez). Socha sv. Jana Nepomuckého poškozena. Socha Immmaculaty je ve východním dvoře na pozemku parc. č. 663 v koruně tisu (nejstarší nebo jeden z nejstarších tisů v Praze).