Farní kostel Nejsvětější Trojice stojí v jižní části hřbitova. Z písemných pramenů je patrné, že v roce 1665 byl zasvěcen sv. Barboře, o pět let později sv. Jindřichovi a až v roce 1713 je jako patron kostela uvedena Nejsvětější Trojice. Současná podoba podle literatury vznikla v roce 1670 přestavbou staršího objeketu údajně pocházejícího z druhé poloviny 15. století. V roce 1717 měl být kostel rozšířen východním směrem a později ještě upravován. V letech 1683–1771 měl statut filiálního kostela spadajícího pod kostel sv. Kateřiny v Novém Městě pod Smrkem. V roce 2010 bylo objeveno středověké zdivo věže a dochovaný relikt štítu starší středověké lodi (viz. poznámky). Jednolodní orientovanou stavbu stojící na obdélném půdorysu zakončuje širší zhruba trojlistý dynamicky pojatý presbytář. Kostel kryje sedlová eternitová střecha na východní straně s valbovým zakončením vyskládaným z tašek bobrovek. K severnímu průčelí přiléhá obdélná sakristie a vzhled jižního průčelí doplňuje čtvercová předsíň. Obě drobné přístavby kryjí valbové plechové střechy. Hlavní vstup do kostela se nachází na západní straně, před kterou předstupuje poměrně štíhlá hranolová věž zastřešená oplechovanou cibulovou bání s lucernou, makovicí a křížem. K věži z boků přiléhají schodišťové přístavky. Hrubě strukturovanou fasádu objektu člení hladké v barvě odlišené lizénové rámce a kamenná ostění. Vitrážové výplně, osazené v presbyterium kostela, zobrazují čtveřici světců. Jedná se o sv. Veroniku, sv. Felixe, sv. Julii, sv. Františka Xaverského. Figury světic a světců jsou zasazeny do renesanční edikuly, kterou tvoří sloupy nesoucí kladí. U výplní s motivem sv. Felixe a sv. Julie se na kladí nacházejí dvě postavy andělů. Po obvodu jsou výplně osazeny bohatě zdobenou bordurou. Každé okno je ve spodní opatřeno erbem a pod ním dedikačním nápisem vněmčině. Čtyři vitrážové výplně byly v presbytáři osazena v roce 1887 a zhotovila je firma Glasmalerei C.L. Türke ze Žitavy (Zittau). Okna byla věnována donátorem, kterým byl Johann Felix Heintschel von Heinegg pocházející z Jindřichovic pod Smrkem, roku 1883 císařem Františkem Josefem povýšeným do šlechtického stavu, nositelem rakouského Zlatého kříže za zásluhy, rytířem papežského Řádu svatého Řehoře a místním významným statkářem a továrníkem. Donátor jednotlivá okna věnoval jménem svého otce Franze, matky Veroniky, manželky Julie a svým. Vitrážové výplně patří k nejmladší vrstvě stavebních úprav kostela, přesto je musíme považovat za významný kulturní doklad své doby. Odkazují na nástup nové vlny doplňování starších sakrálních objektů vitrážovými výplněmi, což lze vnímat jako důsledek vlivů spojených především s novogotikou, která se přelila z německého prostředí do oblasti Sudet a následně i do českého vnitrozemí. Vitráže v kostele v Jindřichovicích pod Smrkem jsou též významným hmotným pramenem odkazující na jednoho z nejvýznamnějších rodáků regionu a členy jeho rodiny. Johann Felix Heintschel pocházel z rodiny faktora a obchodníka vlněnými tkaninami, sám se zprvu živil jako tkadlec a soukač. Společně s bratrem Eduardem založil textilní firmu, jejímž se stal později jediným vlastníkem. Dvě třetiny produkce firmy šly na vývoz nejen do Evropy, ale i do Střední a Jižní Ameriky, Východní Indie a do Ruska. Současně jsou vitráže dokladem produkce jedné z nejvýznamnějších firem v příhraničních oblastech Saska, které se orientovaly na tuto produkci, a to firmy Carl Ludwig Türcke sídlící v Žitavě. Na realizaci vitráži v Jindřichovicích touto firmou odkazuje firemní Referenzenliste z roku 1899 publikovaný v Zittauer Geschichtsblätter, Heft 33 v roce 2007 ve stati Bernda Mälzera Zittauer Glasmaler und ihre Werkstätten na straně 15, kde je uveden Heinersdorf b. Friedland.