Stanice Muzeum leží v nejvýznamnější poloze linky C, a proto ji byla věnována patřičná velkorysost. Jedná se o hloubenou bezpilířovou stanici, jejíž nástupiště se nachází 10 metrů pod povrchem. Stěny kolejiště jsou obloženy bílým, šedě skvrnitým mramorem Koelga ze Sovětského svazu a českým zbuzanským mramorem. Podlahu ostrovního nástupiště kryje žula z Hudčic u Březnice. Stěny schodiště zdobí Lipovský páskovaný mramor. Výška stropu sahá až nad úroveň vestibulu stanice, a díky tomu jsou oba prostory vizuálně propojeny. Vestibul je společný se stanicí na trase A, která byla budovaná v následující etapě.