Orientovaný kostel Nejsvětější Trojice se nachází ve středu města, na jihozápadním okraji náměstí, ve funkčně komunikační ose se zámkem, nedaleko hlavního silničního tahu Tábor-Pelhřimov. Kostel zbudován na výrazném návrší, krajinná dominanta. Je obklopen nepoužívaným hřbitovem se zděnou ohradní zdí.