Stavba plavebního kanálu probíhala ve dvou etapách, přičemž první část (úsek od Jeleního potoka po ústí řeky Mühl) v délce 31,6 km , zvaný „starý“ kanál, byla vybudována v období 1789 1793 pod vedením ing. Josefa Rosenauera. Některé úseky této části byly provozovány již v roce 1791. Druhá část kanálu byla vystavěna v letech 1821 – 1823, tedy již po Rosenauerově smrti, a zaujímala úsek od Jeleního potoka, zahrnovala tunel u Plešivce a končila na bavorské hranici Rosenauerovou nádrží. Stavěn byl pod vedením inž. Falty. Myšlenka spojení Vltavy a Dunaje, dvou řek tekoucích do rozdílných moří, vznikla již v polovině 14. století, v době císaře Karla IV. Taková hospodářsky potřebná vodní cesta by vytvořila z českých zemí významnou křižovatku nejen suchozemské, ale i vodní dopravy. Ale k uskutečnění odvážného nápadu došlo až na konci 18. století. Tehdy se projevil ve vnitrozemí nedostatek dřeva a jeho cena stále stoupala. V pohraničních jihočeských oblastech zůstávaly obrovské plochy lesa dosud nevyužity, protože k nim nevedly žádné přístupové cesty. Majitel panství rozsáhlých lesů na Šumavě si uvědomoval nedotknuté bohatství svých lesů a obrovská poptávka po dřevě a perspektiva v podnikání v tomto oboru ho přiměla k řešení problému svozu dřeva z těžko přístupných míst jeho pozemků. Řešením problému byl v roce 1775 pověřen ing.Josef Rosenauer (1735 - 1804), zaměstnanec vrchnostenské správy schwarzenberského panství se sídlem v Českém Krumlově. (V dřívějším pojetí byl inženýrem každý technik zastávající vedoucí a zodpovědné místo. Stavovské označení inženýr, dnes akademický titul, bylo upraveno až císařským nařízením č. 130 ze 14. března 1917.) Ten roku 1776 předložil ke schválení Josefu Adamovi ze Schwarzenberku plán na zřízení plavebního kanálu. V roce 1779 byl návrh schválen, ale s prací se začalo až o deset let později, v roce 1789, kdy končilo pasovskému biskupství císařským patentem udělené výsadní právo na plavbu dřeva po řece Mühl vlévající se do Dunaje, která byla nezbytnou součástí plánů na dopravu šumavského dříví do Vídně. Právo na plavení dřeva po řece Mühl bylo nově uděleno knížeti ze Schwarzenberku. Následně byly Schwarzenberkům pronajaty pozemky kláštera Drkolná, potřebné pro vedení nové vodní cesty. Se stavbou plavebního kanálu se začalo 4.května1789 od Růžového vrchu ve směru proti proudu. Stavba Schwarzenberského plavebního kanálu postupovala velmi rychle. Během prvního roku byl postaven 29,3 km dlouhý úsek kanálu od potoka Zwettelbach k potoku Rasovka (Hefenkriegbach), který ústí do Vltavy u obce Hory. V roce 1791 byl kanál doveden až k Jezernímu potoku, který vytéká z Plešného jezera, jež se stalo nádrží k vypouštění vody pro potřebu plavby. Byla provedena první souvislá plavba dřeva po celé tehdejší délce kanálu. Volná polena plula Schwarzenberským kanálem a dále po řece Mühl až do Neuhausen, kde byl vybudován vyloďovací kanál a přístaviště lodí. Před ústím řeky Mühl do Dunaje byla polena zachytávána v rechlích a nakládána do lodí, které dřevo odvážely do Vídně. V roce 1793 bylo koryto kanálu prodlouženo až k Jelenímu potoku u osady Jelení Vrchy. Zároveň byl Jezerní potok upraven pro plavení a Plešné jezero zařízeno jako nádrž pro vypouštění vody podle potřeby plavby. Dále se se stavbou nepokračovalo, protože hotový plavební kanál, dlouhý 31,645 km, v té době byl nazýván „Vídeňský kanál“ a později nazvaný „starý kanál“, dostačoval pro dodávku dříví zájemcům na rakouské straně a také protože sám Rosenauer vyslovil pochybnosti, zda voda z přítoků bude stačit k plynulému provozu.. Tím tedy byla dokončena celá první část kanálu, nazývaná později "starý kanál", v celkové délce 39,9 km. Druhá etapa výstavby kanálu proběhla až 17 let po smrti J.Rosenauera. Zásluhu o realizaci nové trasy měli ředitel panství Arnošt Mayer a inženýři Josef Falta a Jan Kraus. Z finančních důvodů a z obavy o nedostatek vody byla trasa druhé etapy oproti původnímu plánu ještě od J.Rosenauera zkrácena o 19 km. Toto zkrácení si však vyžádalo prokopání tunelu pod Jelenskou horou (tzv. Plavebním vrchem). Stavba této trasy byla zahájena v červnu 1821 a dokončena na jaře 1822. Tunel byl vykopán v zimě 1821 – 23. Tím byl kanál bez přidružených vodních smyků v délce 44,3 km hotov. Pak byl zbudován Jelení smyk na Jelením potoce z Jelení nádrže v délce 1,3 km, Jezerní smyk z Plešného jezera v délce 0,9 km a smyk od Říjiště (Rossbach) v délce 1,4 km. Po roce 1823, kdy byly všechny práce hotové, byla celková délka plavení dříví kanálem a řekou na české a rakouské straně, počínající od Světlé vody až k ústí řeky Mühle do Dunaje 89,7 km. Po skončení prací byl celý kanál komisionálně převzat a 5.května 1824 se tunelem plavilo první dříví. Nejvhodnějším obdobím pro plavbu dřeva bylo samozřejmě jaro, kdy tál sníh. Pracovalo se však i v zimě, kdy se kulatina dopravovala do blízkosti kanálu na saních. K plavení se používala jen kvalitní a rovná polena o délce 3 stop (zhruba 0,9 m), natěžená v létě, protože před vhozením do vody musela řádně vyschnout. Samotné plavení začínalo přibližně na přelomu března a dubna. Dřevo se do kanálu házelo rovnoměrně, aby nedocházelo k jeho nahromadění a k ucpání kanálu. Podél kanálu chodilo asi 200 lidí, kteří hlídali průběh plavby a uvízlá polena posouvali pomocí háků. Denně tak mohlo být splaveno až 1 000 sáhů (asi 1,8 km) dřeva. Když počátkem 19.století nebyl dostatek dřeva pro plavbu pro Vídeň z lesů nad plavebním kanálem, dřevo se ke kanálu dokonce dopravovalo i z dalšího schwarzenberského panství Vimperk. Dřevo se plavilo po Vltavě až k osadě Hory (Spitzbergen), zde se vytahovalo a na povozech se vozilo ke kanálu u lokality zvané dnes U Klápy a odtud plavebním kanálem dál. V roce 1806 nechal majitel panství Josef II. ze Schwarzenbergu postavit novou cestu od hrablí u osady Hory je kanálu. V roce 1827 byly upraveny ostré zatáčky kanálu. Plavba po kanále byla rozdělena na čtyři úseky, kudy se plavilo nebo kam se dřevo prodávalo: na úsek vídeňský, pražský, vltavský a blanický. Když se od 60.let 19.století ve větší míře začalo zavádět topení uhlím a rozmáhala se rychlejší doprava dříví po železnici, plavba polen postupně slábla. Zásadní obrat v provozu plavebního kanálu vyvolaly snahy pokrokových lesníků o zavedení řádného hospodaření v lesích, které omezovalo libovolné kácení, které přišlo v platnost v roce 1868. Určité oživení na trhu se dřevem zaznamenala potřeba likvidování velkých polomů a kůrovcové kalamity po roce 1870, ale poptávka po dříví na otop neustále slábla. Svůj význam si však udržel kanál v úseku mezi Rasovkou (Hefenkriegbach) a Světlou vodou (Lichtwasser) na bavorské hranici, zvláště když byla v roce 1887 provedena úprava oblouků na dopravu stavebního dříví do délky 19,5 m. Z téhož důvodu byl zkrácen tunel. Pro plavení dlouhého dříví byl zapotřebí vyšší stav vody v korytě kanálu (asi 45 cm). Za tím účelem byly zřízeny další dvě nádrže (Rosenauerova nádrž a Říjiště) a nově upraveny vodní smyky na Jelením, Jezerním a Koňském potoce. Když ve druhé polovině 19.století začal klesat odbyt palivového dřeva a zároveň stoupl zájem o užitkové dříví, byl v roce 1887 mezi kanálem a Vltavou zřízen spojovací smyk, nazvaný Želnavský (Hefenkriegbach-Riese), též hefenkriegský či U Jiráčka, dlouhý 3,9 km a vyložený zprvu tesanými kmeny, později kamennými deskami. Plavilo se jím polenové i dlouhé dříví rovnou do Vltavy. Význam smyku se zvýšil v roce 1892, kdy byla prodloužena do Želnavy (dnešní stanice Nová Pec) železnice z Českých Budějovic. V dolní části smyku bylo postaveno rozsáhlé překladiště, které umožňovalo nakládat na vagony dříví, které připlulo po Vltavě i po Želnavském smyku. V roce 1911 byla prodloužena železnice přes Černý Kříž do Nového Údolí a do Bavorského království. Pak bylo možné jednoduše dopravovat dříví plavené po Schwarzenberském kanálu nejen do královského hlavního města Prahy a dále k severu, například do Hamburku, ale také směrem k jihu, do Bavorska. V roce 1891, tj. sto let po zahájení stavby Schwarzenberského plavebního kanálu, zanikla plavba do Vídně úplně. Aby se ale pro případ potřeby dala plavba obnovit, udržovalo se nadále v platnosti právo plavby, ale pouze jen do Haslachu, kam se v menším rozsahu dříví plavilo až do roku 1916. Naposledy se plavilo polenové dříví ve dnech od 23. do 27.srpna 1916 od Růžového vrchu. Až do roku 1921 bylo plaveno rovnané dříví pro sklárnu Josefův Důl. Do Čech se však plavilo déle, dříví směřovalo na překladiště na želnavském nádraží. Úsek kanálu na rakouském území používal v dalších letech k plavení svého dříví velkostatek kláštera v Drkolné (Schlägl). V roce 1935 předala správa schwarzenberského velkostatku v Českém Krumlově s platností od 1.ledna 1935 tento úsek (mezi potoky Pestřice a Ježová) se všemi právy a povinnostmi klášteru. Dnem 3.dubna 1935 byl plavební kanál rozdělen do tří částí, z nichž prostřední zůstala klášteru. Tímto dnem přestal plavební kanál ve své původní délce a tudíž jako souvislé plavební zařízení zanikl. V době války a v době bezprostředně po ní byla na kanále prováděna jen nejnutnější údržba. V roce 1958 byla provedena rozsáhlá rekonstrukce plavebního kanálu, při které se práce soustředily na opravu zdiva stěn kanálu, obnovu poškozeného žulového obložení, na likvidaci výmolů, vyčištění všech třech umělých nádrží, utěsnění a případně zvýšení jejich hrází. Množství plaveného dříví v období 1953 až 1961 trvale klesalo. Vystavění a napuštění Lipenské přehrady v roce 1960 a tím zvýšení hladiny, si vyžádalo podstatnou změnu v trase Hefenkriegského smyku. Překladiště (dřevosklad) bylo nutné z místa pod nádražím v Nové Peci přemístit do místa cca 1 km vzdáleného a k němu vystavět i novou větev smyku. Poslední plavební příkaz k provedení jarní plavby dříví byl vydán hlavním inženýrem podniku Vojenské lesy a statky Horní Planá dne 20. března 1961. V tomto roce byla plavba pro hospodářské účely zastavena. V následujících letech bylo dříví plaveno ještě několikrát, ale šlo pouze o plavbu pro potřebu školní výuky budoucích lesníků a jednalo se o nepatrné množství. V letech 1999 až 2000 proběhla rekonstrukce kanálu a některých zařízení na něm. Kanál byl napájen vodou z 27 potoků, ze 3 umělých nádrží (Rosenauerova nádrž, Jelení a Říjiště) a z přirozené – Plešného jezera. Celé vodní dílo obsahovalo původně 87 malých a větších můstků, 80 propustí a 22 stavidel. Z roku 1828 pochází rozsáhlý „Pokus o popis velkého plavebního zařízení na krumlovském panství v kraji budějovickém“ od E.Mayea, uveřejněný v Allgemeine Oesterreichische Zeitschrift für den Landwierth, Forstmann und Gärtner v roce 1830.