Kostel sv. Markéty ve Chvalovicích se nachází v centru návsi, se vstupním průčelím obráceným k frekventované komunikaci směřující ze Znojma do Vídně. Jedná se o orientovanou podélnou jednolodní stavbu s odsazeným polygonálním presbytářem, v koutě sevřeném severní stranou presbytáře a východní stranou lodi je vestavěna hranolová věž, na jihu se k lodi přimyká pravoúhlá předsíň, na východní straně věže je připojena hmota schodiště do patra. Presbytář je opatřen odstupňovanými opěrnými pilíři. Loď a presbytář jsou završeny sedlovou střechou v závěru zvalbenou, nad věží vyrůstá polygonální zděný jehlan. Fasády lodi i věže jsou členěny lezénovými rámy, završeny profilovanou korunní římsou a ve spodní části stavbu mimo presbytáře obíhá sokl. Na každé straně lodi jsou prolomeny čtyři segmentem završené okenní osy rámované šambránou vrcholící vysokým klenákem. Presbytář osvětluje šestice vysokých oken s lomenými záklenky a nálevkovitými špaletami. V ose západního průčelí je prolomen vstup do kostela pravoúhlým portálem s kamennými stojkami členěnými patkami, probranými dříky a předstupujícími hlavicemi zdobenými kanelurou, které nesou profilované kladí jako základnu segmentem završené supraporty. V ní je osazena kamenná kartuš se znakem louckého opata Řehoře Lambecka s letopočtem 1766. Na supraportu navazuje segmentem završené okno rámované šambránou s klenákem. Nad korunní římsou pokračuje odstupňovaný štít s volutovými křídly, ve kterém je prolomeno kruhové okno rámované šambránou s klenákem. Dolní tři patra věže jsou osvětlena štěrbinovými okny, na severní straně je v prvním patře segmentem završený vstup. Zvonové patro je do tří stran otevřeno širokými otvory s lomenými záklenky, na severní straně věže je půlkruhově završený sdružený otvor, na východní a západní straně jsou asymetricky osazeny ciferníky hodin. Věž ukončuje cimbuří, vnější schodiště je zakryto recentní stříškou. Boční vstup na jižní straně lodi je kryt předsíní s půlkruhově završeným vstupem vrcholícím trojúhelným štítem, v němž je probrána nika se sochou sv. Markéty. Samotný vstup v obvodovém zdivu lodi je obdélný s kamenným ostěním členěným přetínajícími se pruty. Nad ním pokračuje lomeně završený tympanon s vysokým reliéfem Malé Kalvárie. Po stranách jsou osazeny baldachýnové konzoly. Presbytář je zaklenut dvěma poli křížové žebrové klenby, závěr klenbou paprsčitou. Žebra klínového profilu s dvojím vyžlabením se protínají v kruhových svornících a sbíhají do ostruhových patek, svorník v závěru je dekorován kolčím štítem. Presbytář se do lodi otvírá kamenným lomeným vítězným obloukem se široce zkosenými hranami. Ve východní části jižní stěny lodi je z vnějšku zazděná okenní nika lomeného okna s gotickou kružbou - jeptiškou. Loď je zaklenuta čtyřmi poli plackové klenby mezi pasy nesenými pilastry s římsovými hlavicemi, v západní části lodi je vestavěna traverzami nesená hudební kruchta. Sakristie v podvěží je zaklenuta valeně.