Klášterní komplex ležel na úzkém a protáhlém říčním ostrově nacházejícím se v řečišti Vltavy těsně před jejím soutokem se Sázavou. Hladina řeky je dnes vyšší než ve středověku a zalila některé okrajové stavby ostrova. Mužský benediktinský klášter byl založen na konci 10. stol. a jeho postupný zánik započal po vyplenění kláštera a rozchvácení jeho majetku za husitské revoluce. Ruiny klášterních staveb byly poničeny povodněmi a vyrabovány obyvatelstvem na stavební materiál. Dnes jsou zachovány zakonservované základy kamenných klášterních staveb odkrytých archeologickým výzkumem. Areál kláštera zaujímá jižní část ostrova, kamenné románské stavby se datují až do 12. století, kdy nahradily požárem zničené stavby dřevěné. Kostel sv. Jana Křtitele byl původně trojlodní románskou basilikou s dvojvěžovým průčelím a trojapsidovým chórem, ke které byl později připojen gotický pravoúhlý chór. K závěru jižní boční lodi přiléhá kaple s apsidálním závěrem a k ní snad na jihu ještě jedna kaple. Severně kostela se rozkládají základy konventních budov koncentrujících se kolem rajského dvora obíhaného ambitem a dále na sever pozůstatky hospodářských staveb. Jižně od kostela se nachází zbytky staveb infirmaria. Velké archeologické výzkumy na klášteřišti proběhly zejména ve 30. a 70. letech 20. století.