Rozměrná podlouhlá stavba hlavního českobudějovického nádraží se nachází východně od historického jádra, cca 1 km od středu náměstí. Tato zhruba 120 m dlouhá symetrická budova je postavena v historizujícím slohu, kombinující prvky renesance a klasicismu a doplněný prvky vídeňské secese. Budějovické nádraží tvoří uliční čáru bloku Nádražní ulice, který je ohraničen Lannovou a Žižkovou třídou. Budova je tvořena centrální dvoupatrovou částí, ze které po stranách vybíhají na jih a na sever patrová podlouhlá křídla zakončená dvoupatrovými bloky. Na oba krajní bloky pak v linii zadní východní fasády navazují přízemní křídla technického zázemí pod prvním nástupištěm. Čtyři nástupiště v úrovni patra hlavní budovy jsou orientovány podélně mezi kolejišti, která leží východně od nádraží. Centrální část nádraží je hmotnější, předstupuje výrazně před spojovací křídla, mírněji vystupují krajní bloky. Celek působí dojmem souboru třech stojících hranolů spojených ležatými kvádry spojovacích křídel. Průčelí jsou výrazně horizontálně členěna římsami a pásovou bosáží, vertikálně okenními osami a pilastry. Ve spodní části obepíná stavbu sokl ze žulových desek, omítané plochy nad soklem jsou zdobeny pásovou bosáží, mezi přízemím a patrem stavbu obíhá římsa s mírným členěním. Na centrálním a na krajních blocích je stavba završena korunovou římsou s atikou. V patře spojovacích bloků se nachází průběžná nadokenní římsa segmentově vyklenutá v místech nadpraží okenních otvorů. Většina oken je lemována jednoduchou vpadlinou, na blocích částečně doplněnou plastickou šambránou. Krajní bloky mají v patrech fasády pilastry s ionskými hlavicemi, část oken má v suprafenestře umístěn trojúhelný tympanon nesený hlavním klenákem rovného nadpraží. Na fasádě lze naleznout i sdružená okna a dále okna se segmentovým zaklenutím. Podobně jsou okna v patře spojovacích křídel zaklenuta segmentově, v přízemí se nachází pravoúhlá okna a portály. Krajní bloky jsou dále doplněny štukovými rostlinnými motivy s prázdným erbem. Centrální blok je ve střední ose vybaven velkorysým vstupem s výraznou markýzou nesenou kovovými žebry, po stranách vstupu vybíhají z centrálního bloku úzké rizality o šířce jedné okenní osy. Nad markýzou je průčelí prolomeno rozměrnými zasklenými okny s kovovou mříží. Nároží centrálního bloku jsou pod hlavní římsou zdobena štukovými okřídlenými hlavami Merkura odkazující na rychlost a komunikaci. Pilastry jsou zakončeny korintskými hlavicemi, suprafenestry oken jsou kromě tympanonů opatřeny zdobnými štukovými hlavními klenáky a kruhovými zrcadly. Korunní římsa je ve spodní části zdobena zubořezem. Atika je doplněna sochami orlů, jehlany s kuželkami a v centrální ose sousoším dvou ženských postav se slepým erbem a datací „MCMVIII“. Zastřešení nad bočními bloky je valbové, střechy nad spojovacími křídly jsou sedlové, nad centrálním blokem je vztyčena kupole. Kupole na čtvercovém půdorysu se středním hranolovým tamburem je kryta měděným plechem, zbylé střechy jsou kryty šablonami.