Součástí někdejšího dolu s maximální hloubkou téměř 1500 m je velmi komplikovaný systém podzemních prostor. Většina prostor je zasypána (hlavní jáma má zásyp na zátku v hloubce necelých 70 m) nebo zaplavena podzemní vodou a je tedy nepřístupná. Nad úrovní hladiny podzemní vody jsou pouze poslední vrchní patra dolu, odvodňovaná tzv. dědičnou štolou. Součástí muzejní expozice jsou prohlídkové trasy ve dvou výškových úrovních štol, původně sloužících výhradně k vodnímu pohonu jednotlivých strojů. Anenská vodní štola i vodní patro dolu Anna (tzv. Wasserlauf) sloužily k přívodu vody, používané k pohonu strojů v dolech a úpravnách. Systém vodních kanálů začínal u vodních nádrží v brdských lesích a byl veden vrstevnicově až do Březových hor, čímž byla získána značná účinná výška. Celkem v lokalitě mezi doly Anna a Vojtěch v různých obdobích pracovalo pět vodních kol, která zajišťovala čerpání důlních vod a pohon těžních a úpravenských zařízení. Vrchní patro tvoří tzv. Anenská vodní štola, spojující doly Vojtěch a Anna. Několikrát půdorysně mírně zalomená štola o délce cca 330 m začíná v ohradní zdi při jižním nároží jámové budovy dolu Vojtěch, prochází pod ulicí Husovou, vede pod svahem přibližně rovnoběžně s ulicemi Husova a U Dolu Anna jižně od nich, zalamuje se pod nádvořím dolu Anna a ústí v jižním rohu zaniklého technologického objektu přiléhajícího k jižní straně budovy cáchovny. Štola má různý profil, je ražená přímo ve skále a obsahuje i úseky zajištěné kamennou obezdívkou, včetně větracího komínu. Jako tzv. Wasserlauf - vodní patro je označován komplex důlních děl v nadpatří 1. patra dolu. Tvoří jej systém několika propojených štol, přivádějících povrchové vody k jednotlivým vodním kolům, která zabezpečovala pohon vodozdvižných čerpadel, těžních a úpravárenských strojů. Vodní štola začínala opět u dolu Vojtěch, kde se dochovala první komora vodního kola a zbytky starých dobývek ze 16. stol., tzv. stařin. Dále štola vede přibližně severovýchodním směrem. Asi v polovině délky se kříží s tzv. Protiklonnou žílou a přichází do kontaktu se štolou staré Nálezné jámy - dolu Matky Boží. Jižně od dnešní ulice U Dolu Anna v místě křížení s Anenskou vodní štolou se štola rozdvojuje, v místě se dochoval zbytek stavidla dřevěné konstrukce (sloupky s polodrážkou pro osazení desek hradidla). Přibližně pod nádvořím dolu Anna chodby vytvářejí uzavřený trojúhelník, který tvoří jihovýchodní, západní a severní větev štol. Jihovýchodní větev pokračuje dále severovýchodním směrem, míjí tzv. Petrské jámy se stařinami z 15.-16. stol. a se zbytky další komory vodního kola a vede až k dnes již zasypané jámě dolu Anna pod jámovou budovou. Zde se stýká se severním ramenem štoly (viz dále) a společně ústí do velmi hluboké komory vodního kola, původně zajišťujícího pohon vodotěžního stroje na jámě Anna. Komora je vysekaná ve skále a v současné době je staticky zajištěna vloženými klenutými pasy ze šedých režných cihel. Západní větev vede severním směrem až do prostoru mezi ulicí Husovou a západním průčelím cáchovny. Zde se spojuje se severní větví a dále se štolou vedoucí od západu, ukončenou závalem a se spojovací štolou k bývalé jámě Martin, situované severně odtud. Severní větev z uzlového bodu se západní větví vede směrem k východu, resp. severovýchodu. V prostoru před západním průčelím cáchovny je nejzajímavější objekt vodního patra, další komora vodního kola, pohánějící původně úpravny rudy. Komora je trojlodní podzemní objekt, zahloubený ve skále cca 20 m pod zemí, podélně rozdělený vysokými kamennými zdmi na 3 úzké lodi. Postranní lodi tvoří obvodové chodby, ze štoly přístupné klenutými portály v kamenné zdi, boční stěny jsou vysekané do skalního masívu. Ve stropě jsou komíny, kudy byla vedena táhla od klik po stranách vodního kola. Střední loď tvoří vysoká úzká prostora "lednice" vodního kola, obezděná kamennými stěnami a zaklenutá kamennou valenou klenbou. S bočními loděmi i štolou je spojena zaklenutými otvory, na bočních stranách jsou nad nimi ještě oválná okénka. Dále severní větev štoly pokračuje k východu, míjí severní stranu budovy cáchovny (odkud je proražen novodobý vstup do 22,7 m hlubokého komínu s výtahem ze spodního podlaží cáchovny) a spojuje se před jámovou budovou s jihovýchodní větví, společně pak ústí do zmíněné komory vodního kola u dolu Anna. V mezilehlém úseku severní větve je hloubení do níže položeného patra hlavní dědičné štoly, zajišťující odvodnění celého březohorského revíru. Štoly systému vodního patra mají různorodý charakter, vesměs nepravidelného oválného profilu raženého ve skále. Místy je provedeno zabezpečení buď výdřevou, kamennou obezdívkou, nebo novodobě klenutými cihelnými pasy. V jihovýchodním rameni se dochoval úsek dřevěného žlabu pro přívod vody.