Kojákovice leží v mírně zvlněném terénu nad Třeboňskou pánví. Patří mezi vrcholně středověká kolonizační sídla. První bezpečná zmínka o vsi se pojí s rokem 1371. Původně jednotlivé usedlosti byly soustředěny na protilehlých stranách dlouhé návsi s několika rybníky. Až druhotně většina usedlostí ustoupila z linie návesní fronty do vyvýšených poloh v zahradách a ve vnitřním prostoru návsi vznikla drobná chalupnická zástavba. Pro Kojákovice je typická zástavba V roce 1827 ve vsi jednoznačně převažovala zástavba dřevěná, ale dnes je zástavba výhradně zděná. Převažují velké uzavřené čtyřboké a trojboké usedlosti. Vesnice je po stránce architektury velice zajímavá. Kromě domů s prostými hladkými fasádami se zachovalo také několik stavení s křídlovými štíty. Velice často se zde objevuje štít s nikou uprostřed a s obloučkem, otočeným dolů. Také jsou časté mohutné půlkruhové nástavce nad branami. V Kojákovicích se narodil významný jihočeský malíř Jan Kojan (1886 - 1951), který je také autorem pomníku padlým v 1. sv. válce.