Kostel Jana Amose Komenského je samostatně stojící neorientovaná podélná sakrální stavba s hlavním průčelím obráceným do dnešního Komenského náměstí. Svou formou odkazuje na severoněmeckou gotickou architekturu, vyznačující se charakteristickou robustností, neomítnutým cihlovým zdivem a kamennými detaily. Jakkoli vychází ze severské protestantské tradice, přímým vzorem se pravděpodobně stala stavba kostela Panny Marie Pomocné (Mariahilfkirche) ? hlavní farní kostel městské čtvrti Au v Mnichově, na náměstí Mariahilfplatz. Jedná se o trojlodní síňovou stavbu s polygonálním závěrem a mírně předstupující odsazenou průčelní předsíní se vstupním portikem, nad níž je vztyčena mohutná průčelní věž, vysoká 51 metrů. Historizující architekturu charakterizují fasády z cihelného neomítaného zdiva s detaily sekanými z kamene využívajícími gotizující motivy, převážně různých fiál, kytek a krabů. V ose hlavního průčelí je prolomen hlavní vstup vsazený do dvouosého hrotitého portálu s nadpražím dekorovaným slepými kružbami s trojlisty a jeptiškami a centrálním čtyřlistem. Přestavený kamenný portikus vynáší balkón flankovaný dvěma fiálami. Nad balkónem je v ose prolomeno rozměrné hrotité okno s gotickými kružbami s trojlisty a jeptiškami a centrálním pětilistem. Po stranách okna plochu průčelí člení třikrát odstupňované opěrné pilíře. Dále směrem k vnějším okrajům jsou hmoty stavby členěny dvěma čtvrtválcovými schodištními útvary s vřetenovými schodišti vsazenými do koutů vymezených lodí a předsíní. Výše nad oknem probíhá okosená římsa s vegetabilním dekorem, nad níž průčelí završuje vysoký trojúhelníkový štít, členěný trojicí slepých hrotitých oken, v centru jsou osazeny hodiny. Protilehlé menší štíty jsou představeny rovněž bočním stranám příčně sedlové střechy, z níž vyrůstá šestiboká věž otevřená ve zvonicovém patře šesti hrotitými okny a završená příkrým zděným stanem posetým kraby s kytkou ve vrcholu. Součástí bohatého dekoru věže jsou také kamenné chrliče. Boční průčelí je prolomeno pěti hrotitými okny, mezi nimiž jsou rozmístěny třikrát odstupňované opěrné pilíře. Ve výši spodní hrany oken stavbu obíhá okosená kordonová římsa. Ve třetí okenní ose na severní straně je prolomen boční vstup vsazený do kamenného portálu s motivem trojlístku a rozetou v záklenku, přístupný sedmi stupni. Šestiboký závěr je osvětlen šesti hrotitými okny. Střecha je sedlová, nad kněžištěm zvalbená, v závěru se nachází pětice stanových stříšek různých šířek. Trojlodí je zaklenuto žebrovou hvězdicovou klenbou vynášenou dvanácti sloupy s prstenci a vegetabilními hlavicemi. Prostor závěru tvoří tři apsidy a trojramenná tribuna. Na protilehlé straně v předsíni se nachází hudební kruchta, ohraničená kamenným parapetem se sekaným gotizujícím a vegetabilním dekorem. V interiéru chrámu je dochována dobová kamenná dlažba. V prostoru sakristie zůstala zachována pozoruhodná původní výmalba klenby a stěn.