Neorientovaná jednolodní podélná stavba s hlavním průčelím obráceným do prostoru Kapucínského náměstí (tj. na sever). Průčelí je vyzdviženo na terase, opatřené dvěma přístupovými schůdky a zdobené sochami františkánských světců. Kostel sestává z obdélné lodi o třech polích valené klenby s trojúhelnými výsečemi, oddělovanými pasy, a kratšího odsazeného obdélného kněžiště s valenou klenbou s výsečemi. Na východní straně se k ústřednímu poli lodi přimyká čtvercová kaple s valenou klenbou s výsečemi, na kterou na severní straně navazuje novější obdélná kaple sv. Fidela ze Sigmarigen, která je završena plochou kupolí. Obě kaple jsou propojeny mezi sebou navzájem i s prostorem lodi. Na kněžiště na východní straně navazuje zhruba čtvercová sakristie o dvou polích křížové klenby. Mezi sakristií a kaplí se táhne plochostropá zpovědní chodba. Fasády kostela jsou hladké. Vstupní fasáda, završená vysokým trojúhelným štítem s řadou čtyř okének se segmentovým záklenkem ve spodní části, je trojosá. V ústřední ose je proražen obdélní vstupní otvor, nad kterým je osazena mozaika s tématem “sv. František káže ptáčkům” a dále nad ní velký oculus. Po stranách jsou prolomena vysoká okna se segmentovým záklenkem. Vstupní otvor je opatřen raně barokním portálem s olištovanou profilovanou šambránou s ušima s kapkami a supraportou, tvořenou roztrženým trojúhelným štítem, neseným volutovými konzolami. Na ploše frontonu je osazen zřejmě novější kříž s trojlaločně zakončenými břevny. Vstupní průčelí kaple sv. Fidela ze Sigmarigen je završeno štítovým nástavcem s trojúhelným frontonem a jakýmsi náznakem volutového křídla na východní straně. Prolomeno je pravoúhlým vstupním otvorem a vysokým oknem se segmentovým záklenkem, které bezprostředně navazuje na vstupní portál. Pozdně barokní portál je tvořen podloženými, motivem penízků zdobenými lezénami s vpadlými dříky a úsekem kladí, završeným segmentovým frontonem. Na terase je umístěn pozdně barokní sokl s volutovými křídly, zdobený rytými rámy, palmetou a vegetabilním závěsem (dnes je něm vyzdvižen dřevěný kříž). Pod kostelem je umístěna kapucínská hrobka, sestávající z několika místností a zvenčí přístupná z menšího nádvoří za závěrem kostela. Z kláštera je přístupná skrze místnost pod presbytářem, která slouží jako kaple a osvětlená je velkým, zhruba půlkruhovým okem, proraženým v závěrové stěně presbytáře. Střechy jsou sedlové. Nad kněžištěm se zvedá polygonální sanktusník.