Kostel Narození P. Marie je situován ve středu města Vodňany, v SZ rohu hlavního náměstí Svobody, do kterého je orientován prebytářem a vysokou hranolovou věží na jihu presbytáře. Dvoulodní kostel s pětiboce uzavřeným presbytářem, s věží při jižním průčelí a s přístavky předsíní a schodiště na jihu, západě a severu je velmi cenným historickým, architektonickým a urbanistickým prvkem v MPZ Vodňany, určující její charakter. Památková ochrana se vztahuje na budovu kostela a na pozemek st.parc.č. 1. Kostel Narození P. Marie je dvoulodní kostel s protáhlým pětiboce uzavřeným presbytářem v šířce hlavní lodě (jižní), s věží při jižním průčelí presbytáře, s předíní na jižní i severní straně lodě, se vstupem ze západní strany lodě a se západní věží, při SZ rohu kostela. Kostel je zastřešen sedlovými střechami s pultovou střechou nad boční lodí, nad presbytářem s pětistraným zvalbením. Přístavky předsíně na jihu i severu, západní předsíň mají střechy sedlové. Jižní věž má střechu valbovou, se štyřmi gotickými vikýři a štíhlou lucerničkou na vrcholu. Hlavní střechy mají prejzovou krytinu, boční přístavky bobrovkovou. Střecha věže eternitová. Exteriér: Fasády kostela jsou pojednány architektonicky shodně. Fasády člení mírně předsazený sokl, pásová bosáž a armovaná nároží od prvního patra. Fasády jsou ukončeny profilovanou korunní římsu. Presbytář a stěny lodě jsou doplněny opěráky s putovou stříškou s fiály a křížovou kytkou. Opěráky mají pásovou bosáž. Fasády lodě a presbytáře člení okenní otvory s hrotitými oblouky s kružbou. Přístavky předsíně a přístavek schodiště na západní straně jsou členěny pravoúhlými okenními otvoty v šambráně. Západní průčelí hlavní lodě vrcholí renesančním dvouetážovým volutovým štítem s polokruhovým štítovým nástavcem. Štít členěn pilastry, římsami a jeho plochu zdobý pseudorenesanční sgrafita od Mikuláše Alše (shora Beránek Boží, dále nebeští ochránci českých zemí - sv. Metoděj, sv. Cyril, sv. Prokop, sv. Václav, sv. Ludmila, sv. Vojtěch a anděl. Před fasádu lodě je přistavek přízemní přístavek západní předsíně, jehož západní fasáda vrcholí trojúhelným štítem a nad vchodem je v hrotitém oblouku zobrazena polopostava žehnajícího Krista se symboly eucharistie kalich a hostie). Nad přístavek, je v ploše fasády lodě ozdobný pás ve středu seznakem města Vodňan a po stranách se dvěma pelikány (symbol Kristovy oběti) od Mikuláše Alše. Západní fasáda pětipatrového přístavku schodiště na krcuhtu a na půdu je rovněž nad profilovanou římsou ukončen renesančním dvouetážovým volutovým štítem, členěný pilastry, římsami, dvěma okenními ovtory ve štukové šambráně a celá plocha štítu je doplněna sgrafity s rostlinnými motivy od Mikuláše Alše. Dvoupatrový přístavek severní předsíně s pravoúhlými okenními otvory ve štukové šambráně má průčelí nad profilovanou římsou ukončeno renesančním trojúhelným štítem, který je členěn pilastry a freskovým obrazem Madony mezi dvěma anděly od Mikuláše Alše. Jižní dvoupatrový přístavek předsíně s pravoúhlými okenními otvory a s polokruhovým vstupem v přízemí je ukončen volutovým renesančním štítem, který člení pilastry a dva okenní otvory v šambráně. Jeho plochu zdobý orlice (symbol Božího slova) a rostlinný ornamnet od Mikuláše Alše. Jižní čtyřpatrová věž je vklíněna mezi presbytář a hlavní loď, je členěna patrovými římsami a profilovanou korunní římsou. Fasády jsou prolomeny okenními ovtory v okenních osách nad sebou, přičemž okna v posledních dvou patrech jsou hrotitá v šambráně, vyplněná dřevěnými žaluziemi. Pod korunní římsou hodinové ciferníky. Věž doplněna třemi erbovními štítky - na východě znak města Vodňany, na jihu znak Království českého a na západě znak děkana P. Antonína Vokouna (1719-1738). Na západní straně věže je prolomen pravoúhlý vstup do podvěží, do sakristie,