(Součástí areálu kostela je i nádvoří s dvojicí věží a předsíní - viz samostatný prvek) Dnešní kostel P. Marie pod řetězem (zvané rovněž na konci mostu) je pouze zbytkem chóru předpokládané gotické chrámové stavby, který byl renesančně a raně barokně upraven. Románská trojlodní bazilika byla v místech dnešního kostelního dvora vybudována asi před r. 1182, při gotické výstavbě (asi až v 1. pol. 14. stol.) měla být nahrazena novostavbou velkého chrámu, z něhož však bylo vybudováno jen presbyterium a nedokončená dvojice věží v záp. průčelí, přičemž loď byla pouze začata. (Dodnes se z pův. zdiva basiliky zachovaly jen fragmenty - J obvod.zeď s portálkem, která tvoří součást budovy velkopřevorství, a již. rameno transeptu s částí vítězného oblouku a apsidy). Presbyterium, posléze sloužící jako hl. chrám, prošlo přestavbou nejprve renesanční (ve 2. pol. 16. stol. a znovu v l. 1606-11 - záp. pole kostela s kruchtou) a posléze i raně barokní, za vedení Carla Luraga (kol. r. 1648, spolu s kameníkem G.B.Spinettim). V r. 1610 je v kostele doložena úprava hl. oltáře, tehdy vyzdobeného sochami sv. Jana Křtitele, sv. Václava a malbou Matky Boží, na které byl i erb velkopřevora z rodu Lobkowiczů. Jeden z bočních oltářů byl zasvěcen sv. Janu Křtiteli, druhý (v kapli vpravo) sv. Vavřinci; kaple vlevo byla zasvěcena sv. Tomáši. Doloženy jsou drobné opravy v průběhu 17.stol. (r. 1682 F.Lurago, r. 1701 A.Lurago) a 18.stol. (r. 1726 Thomas Haffenecker). Vzhled průčelí dnešního kostela je nejspíše pozdně renesanční, ale v členění se ozývá přežívající gotika. Mladšího původu (pozdně renesančního) je nepochybně portál prolomený v ose přízemí, vytvořený klasickou edikulou toskánského řádu s trojúhelným frontonem. Tato edikula je předsazena před bosovaný vstup, polokruhově ukončený. Po stranách provázejí hl. vchod na každé straně menší již raně barokní (z doby kol. r. 1650) portálky s ostěním s uchy a kapkami, vložené do starších polokruhově zakončených otvorů, lemovaných výraznými klenáky. Dnešní kostel je presbyteriem někdejšího plánovaného gotického chrámu, navíc však rozšířený o poslední záp. pole kruchty při renesanční přestavbě. Na stěnách se zachovaly zbytky středověkých fresek, na klenbě raně barokní. Na stěně kaple se nachází zlomek výjevu Mučení světice, snad sv. Kateřiny. Byly odkryty a restaurovány V. Pichlem v r. 1948, znovu v 70. letech 20. stol. Novější je klasicistní přístavba sakristie. Bezprostředně na závěr presbyteria přiléhá obdélná barokní budova někdejších koníren.