Areál kostela sv. Jana Křtitele je situován v blízkosti historického jádra města Vodňany, v jeho JV části za hradebním systémem města. Klasicistní kostel sv. Jana Křtitele byl postaven v roce 1844 dle projektu českobudějovického stavitele Josefa Sandnera. Areál kostela včetně hřbitova a dochovaných náhrobků je cenným historickým, architektonickým a urbanistickým prvkem v MPZ Vodňany, určující její charakter. Památková ochrana se vztahuje na budovu kostela, hřbitov včetně ohradní zdi a brány, náhrobků a na pozemek st.parc.č. 331, 355 a na parc.č. 140/1.