Hřbitovní kostel sv. Marka se nalézá jihovýchodně od historického centra Soběslavi za Černovickým potokem. Jednolodní kostel s trojbokým presbytářem, severní sakristií s oratoří v patře, západní předsíní a osmibokou kaplí Panny Marie na jižní straně lodi. Kolem kostela se rozprostíral rozsáhlý hřbitov obdélného půdorysu, který má dnes parkovou úpravu. Na jeho existenci upomínají dvě raně barokní brány z roku 1651 na západní a severovýchodní straně bývalého hřbitova.