Kostel stojí v historickém centru Bernartic, před nímž se na křižovatce cest zformovalo náměstí, dříve zřejmě téměř čtvercové. Náměstí nabylo pozdější zástavbou v jeho severovýchodním koutě kolem kostela trojúhelné podoby, jemuž dominuje právě kostel se sousední farou (původní jezuitskou rezidencí). Kolem kostela býval hřbitov, dnes zaniklý, není památkově chráněn. Kostel sv. Martina má značně složitý půdorys. Jedná se o trojlodní orientovanou stavbu s obdélnou lodí a s pětiboce uzavřeným presbytářem. Na východní straně je k presbytáři připojena sakristie a na severu presbytáře se nachází původní sakristie, dnes severní kaple. Podél lodě jsou dvě lichoběžníkové boční lodě (jižní a severní) a podélné boční kaple. Západnímu průčelí dominuje románská hranolová věž se žulových, hrubě opracovaných, kvádrů. Věž byla barokně dostavěna.