Trojlodní bazilika s protáhlým polygonálním kněžištěm, bočními kaplemi a sakristiemi po jeho stranách stojí severovýchodně od hlavního náměstí Přemysla Otakara II. U severozápadního nároží kostela se nachází městská zvonice - Černá věž, severně pak budova děkanství a východně od kněžiště byla postavena barokní kaple Smrtelných úzkostí Páně. Presbytář- je v hranách polygonu dosud zpevněno gotickými opěráky, které jsou v úrovni koruny zdiva spojeny segmentovými pasy a vytváří tak po obvodu závěru věnec, na který je nasazena valbová sedlová střecha, krytá prejzy. Ze závěru střechy vyrůstá hranolová, měděným plechem krytá zvonička s dvojitou cibulovou bání. Mezi opěráky se dnes otevírají pravoúhlá obdélná okna. V severovýchodní stěně kněžiště je v omítce odhaleno ostění původně protáhlého středověkého okna s lomeným záklenkem. Po stranách kněžiště jsou připojeny boční kaple s polygonálním závěrem, kam vede přístup z bočních lodí. Nad jižní boční kaplí je navíc depozitář. Po stranách kněžiště se nacházejí dvě sakristie. V ose kněžiště je mezi opěráky vložena malá kaple s pultovou, prejzy krytou střechou. Nika je otevřená stlačeným záklenkem na páru toskánských sloupků. Za kovanou mříží se zlaceným symbolem IHS je kamenná socha Ježíše Krista klesajícího pod váhou kříže na ramenou. Interiér kněžiště je uzavřen třemi poli valené klenby s výsečemi, které jsou odděleny klenebními pasy. Hrany klenebních výsečí, pasů a lunet jsou zdobeny štukovým dekorem. Stěny jsou členěny pilastry s ionizujícími hlavicemi doplněnými hlavou anděla a zavěšeným ovocným festonem. Nad pilastry vystupuje masivní profilovaná korunní římsa, která probíhá při patě klenby. Podlaha kněžiště je kryta mramorovou dlažbou. Severní sakristie - Na severní straně kněžiště je připojen obdélný objekt sakristie s párem obdélných oken ve východní stěně a jedním oknem na severní straně. Zamřížovaná okna jsou vsazena do kamenných ostění se stezkou po obvodu, s mírně předstupujícím bankálem a římsou krytou prejzy. Obdélným portálem na severní straně sakristie vede přístup od děkanství do interiéru sakristie a celého kostela. Sakristie má rovnou střechu, která je schována za zděnou atikou ve formě zábradlí. Nároží sakristie jsou zpevněna pilastry a rustikou. Interiér sakristie s keramickou dlažbou na podlaze je sklenut valenou klenbou s trojicemi pětibokých výsečí po stranách. Hrany klenebních výsečí a lunet jsou zdobeny štukovým dekorem. V severozápadním nároží je nika vytvořená ustupujícím nárožím polygonálního závěru severní boční kaple. V severní stěně je vedle niky vstupních dveří na pravé straně zazděno lavabo s umyvadlem a římsou z červeného mramoru a se štukovou mušlí v záklenku. V severovýchodním koutu sakristie je na severní zdi vysoká segmentově sklenutá nika. V jižní stěně blíže jihozápadního koutu se otevírá segmentově sklenutá nika vstupu do kněžiště. Jižní sakristie. Obdélný objekt má na východní straně polygonální předsíň s portálem v ose východní stěny. nad vstupem je v nadpraží vytesána stáčená páska s nápisem: „AEDIFICATUM A.D. MCMXII“ – „Zbudováno L.P. 1912“. Nade dveřmi vystupuje konzolová římsa a nad ní východní štít s párem čtvercových oken a segmentově prohnutou římsou. Nad okny je umístěn reliéfní znak biskupství. Na jižní straně sakristie je pouze jedno obdélné okno s kamenným ostěním zdobeným stuhou po obvodu. Stěnu člení pilastry a nárožní rustika. I tato sakristie má rovnou střechu schovánu za atiku vyzděnou ve formě zábradlí s kovanými výplněmi. Interiér jižní sakristie byl původně přístupný i portálem ve východní předsíni, ale dnes se do ní vstupuje přímo z kněžiště dveřmi v jižní zdi. Podlahu sakristie kryje mramorová dlažba a prostor uzavírá valená klenba s výsečemi a párem půlkruhových lunet podél stran. Ve východní stěně je segmentová nika vstupu z předsíně a v nadpraží s obdélným okénkem. V jihozápadním koutu je polygonální hmota točitého schodiště do depozitu nad závěrem jižní boční kaple. Točité samonosné betonové schodiště bez středního sloupku vede do místnosti v patře nad kaplí. Nevelký prostor depozitáře s nízkým rovným stropem a betonovou podlahou je přístupný železnými dveřmi a osvětlen párem čtvercových oken nízko nad podlahou. Bazilikální trojlodí je na vnějšku hmotově sjednocený objekt s vysokou sedlovou střechou krytou drážkovou krytinou. Táhlá pětiosá boční průčelí jsou na rozích zpevněna nárožní rustikou a volná plocha fasády je členěna pěti vysokými pilastry, které vyrůstají s jednoduchého soklu a nesou výrazně předstupující římsu a nad ní vyrůstá ještě úsek zdiva ukončený korunní římsou. Mezi pilastry jsou vsazena obdélná okna v kamenných ostěních se stezkou po obvodu, parapetem a předstupujícím úsekem římsy nad překladem. V třetím poli od západu je obdélný kamenný portál bočního vstupu trojlodí. Na jižní straně jsou do kaple proražena dvě menší obdélná okna a nad nimi pár čtvercových oken do prostoru depozitu. Mezi okny jsou na fasádě provedeny sluneční hodiny. Severní stěna trojlodí má naprosto stejné členění v počtu a rytmu oken a výzdoby. Trojosé hlavní vstupní průčelí na západě katedrály má výraznou korunní římsou oddělenu plochu výrazného štítu. Sdružené páry pilastrů vytvářejí tři pole s portály na jejich ose. Kamenná ostění portálů s párem toskánských sloupků nesoucích rozeklané trojúhelné frontony vrcholí nikami v nichž jsou vsazeny sochy světců – patronů kostela a města. Uprostřed je titulární patron sv. Mikuláš, nalevo stojí sv. Václav a na pravé straně sv. Auratianus. Západní štít trojlodí s projmutými boky nese na vrcholu trojúhelný fronton a na bocích je zdoben kamennými koulemi a jehlanci. Plochu štítu člení sdružené páry pilastrů ve stejném rozestupu jako v přízemí. Ve středním poli je půlkruhově sklenuté okno do prostoru půdy a nad ním nika se sochou Panny Marie.