Budova muzea patří mezi významné stavby české architektury 70. let 20. století. Náleží k proudu architektury, která byla ve své době nazývána plastická. Jedním ze směrů „plastické“ architektury byl skulpturalismus, ke kterému se autor muzea Jan Malát přihlásil slovy: „forma skulpturální architektury vyžadovala…“. Objekt muzea se vyznačuje racionálním, slovy autora „exaktním“ rozčleněním hmoty, jeho objem je sochařsky komponován z vícera částí. Všechna průčelí budovy jsou ze všech pohledů stejně významná. Výraz budově dodává i působivé střídání velkých prosklených ploch a plných konstrukčních stěn, které jsou obloženy výtvarně řešeným keramickým obkladem. Skleněné stěny jsou vyplněny velkoplošným, barevně tónovaným reflexním sklem. Hliníkové rámy stěn jsou eloxovány tmavě, vlastní okna světle zlatě. Reliéfní obklad vnějších plných stěn je z matových keramických tvarovek z břasské kameniny. V konceptu stavby muzea hrála roli snaha propojit interiér s okolní zelení, umožnit nové pohledy na historickou část města a prací s vnitřním večerním osvětlením skrze rozsáhlé skleněné plochy zdůraznit skulpturální kvalitu celé stavby. Památník byl s muzeem spojený terasou, opatřenou schodišti. Pietní prostor vymezovaly reliéfní betonové stěny, jeho dominantou byl velký přírodní valoun, který byl dovezen z Údolí u Nových Hradů. Přírodní tvar valounu hrál důležitou roli v uspořádání exteriéru muzea, který byl založen „na kontrastu moderní exaktní architektury a prostého přírodního tvaru“, jak uvedl autor Jan Malát. Tvarování betonových stěn památníku je analogické sochařskému formování hmoty muzea. Sadovou úpravu u muzea navrhla Dagmar Hoblová ze Státního ústavu pro rekonstrukci památkových měst a objektů v Praze. Záměrem bylo vytvořit park na břehu řeky Malše s odpočívadly, které jsou dodnes zachovány. V parku byly vysazeny rostliny typické pro jihočeskou krajinu. Autorce se povedlo vytvořit klidné a příjemné zákoutí, nerušené blízkou rušnou komunikací. Jižní část pozemku zaujímá přízemní přístavba z let 2019-2021. Obdélná prosklená hmota na částečně zapuštěném suterénu je od původní budovy muzea oddělena spojovacím krčkem, který dává vyniknout kontrastu starého a nového objektu.