Pro urbanistickou strukturu Napajedel je určující jejich poloha v úzké říční nivě tzv. Napajedelské brány, oddělující Hornomoravský a Dolnomoravský úval. Toto strategické území bylo osídleno již od pradávna a o jejich komunikačním významu svědčí i samotný název. Nejpozději od poloviny 13. století se postupně rozvíjelo jako středisko zeměpanského statku náležejícího k hradu Buchlovu, přičemž první písemný doklad pochází z let 1355-1357. Město se rozvíjelo kolem severojižní dálkové komunikace, v jejíž blízkosti se nacházel vodní hrad (tvrz), zaniklý během 15. století. Do dějin Napajedel výrazně zasáhla Třicetiletá válka, která zpomalila jejich rozvoj. Ve druhé pol. 17. století vzniká tzv. Starý zámek, vybudovaný Rottaly v centru na západní straně náměstí. Kolem roku 1712 je vystavěn farní kostel sv. Bartoloměje, který se stává novou dominantou města a přebírá funkci původního středověkého kostela, který zcela zanikl. Ve 2. třetině 18. století je ve vyvýšené poloze nad městem vystavěno nové pozdně barokní šlechtické sídlo podle projektu brněnského stavitele F. A. Grimma a starý zámek se stává centrem hospodářské právy panství. Na přelomu 18. a 19. století se zástavba města rozšiřuje především jižním a východním směrem, jak je zachycena na mapě Stabilního katastru. Stavební fond v závěru 19. století poznamenalo několik požárů, proto řada významných staveb v centru pochází až následného období, kdy jsou Napajedla roku 1898 povýšena na město. V letech 1903-1905 je vystavěna neorenesanční budova radnice s výraznou nárožní věží. V její těsné blízkosti vyrostla ve třicátých letech stavba Městské spořitelny podle projektu zlínského architekta M. Lorence. Ta je spolu se souborem tří vil rodiny Paříků nejvýznamnějšími reprezentanty konstruktivistické architektury meziválečného období. Ve třicátých letech do Napajedel významně vstupuje firma Baťa, která na západním břehu buduje chemickou továrnu (firma Fatra Napajedla). V polovině století došlo k napřímení toku řeky Moravy a část jejího toku SZ od města se stala slepým ramenem. Panelová výstavba 70. let, realizovaná severně od centra naštěstí zásadnějším způsobem nenarušila urbanistickou strukturu města.