Na JZ konci nádvoří leží zakřivená budova nového opatství. Jedná se o patrovou stavbu s rizalitem, v přízemí členěna spárováním, v patře pilastry. Zakončena je volutovým štítem s kamenným opatským znakem a malovaným nápisem, obrazem sv. Augustina na vnějším průčelí. K výstavbě tohoto objektu došlo krátce po roce 1733, kdy se opat Prechtl dohodnul s vrchností a městem o zboření tehdy již havarijní hlavní hradby, na jejímž místě byla založena vnější zeď celého komplexu budov, které kopírují průběh původní hradební linie. Starší budovy vyjma sýpky v jižní části stály za hlavní hradbou a byly při stavební akci rozbořeny. Dlouhá dispozice dvakrát se zalamující nestejně široké budovy měla zajímavou multifunkční náplň; v přízemí se nacházely prostory pivovaru (vlastní varna stála na severním konci), v 1. patře sýpka a ve 2. patře obytné pokoje spojené se starou prelaturou. Spolu s propojenou barokní částí Budějovické brány bylo toto podlaží nazýváno jako tzv. nová prelatura. Při pozdně barokní přestavbě zůstala zachována ze starších objektů jedině raně barokní jižní jednopatrová budova se sýpkou v patře, pocházející údajně z roku 1688. Při následných mladších úpravách byl interiér budovy v podstatě zcela přeřešen. Severní část, kde se nacházela varna pivovaru, byla v roce 1902 připojena ke škole a zcela přestavěna. Rozsáhlý objekt na obdélném půdorysu se stáčí do mírného oblouku směrem k jihu. Na východní straně je členěn mohutným trojosým rizalitem. Na jižním konci na něho kolmo navazuje objekt starého opatství. Budova je krytá sedlovou střechou. Východní fasáda směrem na sever do rizalitu má v obou patrech pět okenních os. Přízemí je prolomeno dvěma velkými pravoúhlými vjezdy, krytými novodobými plechovými dvoukřídlými vraty, v jižní části je velké obdélníkové okno, vyplněné mříží a vedle něho jedno menší bez výplně. Okna obou pater jsou shodná. Jsou rámována jednoduchou štukovou šambránou s vnější lištou a osovým klenákem. Fasáda je krom korunní římsy zcela holá. Trojboký schodišťový rizalit je dvoupatrový, nad hlavním průčelím zakončený volutovým štítem. Střecha je sedlová. Severní boční stěna je dělena kordonovou římsou na dvě podlaží. Přízemí obsahuje pravoúhlý vstup, krytý kamennou římsou. V patře je slepé okno s jednoduchou šambránou. Do úrovně přízemí překrývá fasádu rustika. Jižní část východní fasády bez členění s dvěma pravoúhlými vstupy v přízemí se čtyřmi okny v patře a třemi okny ve druhém patře. Západní fasáda se dělí na dvě části, které mají různě pojednanou plochu. Severnější část má v obou patrech celkem 5 okenních os. Fasáda je plochá, nečleněná, mezi druhou a třetí osou je zlom směrem k jihu. Přízemí obsahuje celkem 5 oken. První a druhé patro mají obdélná okna se šambránami složenými z rámování s vnějším páskem a osovým klenákem. Zbytek fasády je bez členění. Další část fasády pokračující směrem k jihu se skládá ze soklu, prvního patra s pásovou rustikou a druhého patra odděleného kordonovou římsou. Tato část má v patrech celkem sedm okenních os. Přízemí člení pouze jednoduchá obdélná okénka umístěná v plochém soklu. První patro je členěno obdélnými okny v líci fasády bez šambrán. Okna 2. patra jsou opatřena šambránami v horních rozích s uchy a kapkami.