Přístupná část vltavotýnského podzemní leží v historickém centru města pod bývalým arcibiskupským zámkem a náměstím. Je tvořena systémem zděných sklepů a tesaných chodeb ručně ražených v geologickém podloží, které zde tvoří biotitické pararuly. Chodby lichoběžníkovitého až nepravidelně obdélného průřezu (průměrná výška cca 130 cm, šířka 60 cm) se nacházejí v hloubce 6 m pod současným povrchem náměstí a celková délka zpřístupněné části činí asi 160 m. Součástí systému jsou dvě studny, z nichž první situovaná před budovou muzea je v hloubce 1,5 m zastropena, druhá v severozápadní části náměstí je kryta litinovým poklopem. V současnosti jediný známý vstup do podzemí je ze sklepních prostor Městského muzea. Čtyři sklepní místnosti zaklenuté valenou cihlovou klenbou jsou přístupné po kamenném schodišti vedoucím ze dvora. Vstup do podzemní chodby se nachází v jižní místnosti, která je již částečně vytesána v rostlé skále.