Z důvodu co nejmenšího namáhání koní při přepravě bylo nutné vytýčit a zbudovat trať s co nejmenšími výškovými rozdíly. Aby se trať neprodlužovala obcházením terénních nerovností a byla přímější, byla výškově vyrovnávána budováním zářezů a náspů. Spodní šířka zářezu byla 4,70 m, sklon svahů pak od 45 do 60°. Šířka byla takto určena, aby po stranách vlastní tratě bylo místo pro odklízení sněhu a pro rigoly na odvodnění zářezu. Vytěžený materiál z výkopů zářezů byl následně používán pro zřizování náspů. Z důvodu zpevnění náspů byly při jejich sypání střídavě používány vrstvy země a štěrku. Šířka koruny náspů byla cca 2,8 m, sklon svahu se pohyboval okolo 45° a byly osety travním semenem. Náspy byly z důvodu únosnosti opatřovány uvnitř v místech pod kolejnicemi zdmi, založenými na pevném podkladu a dosahovaly až ke koruně náspů. Zídky, stavěné z kamene nasucho, byly dvě (pod každou kolejí), jejich horní šířka byla zpočátku 47,5 cm, později na přímých úsecích byly zúženy na 31,5 cm, v obloucích na 40 cm. Vzdálenost obou zídek byla cca 110 cm. Ve vysokých náspech však docházelo k bočnímu vychylování zídek. Proto bylo v dalších úsecích tratě přistoupeno ke konstrukčnímu řešení celého kamenného jádra. Tato technologie byla použita při výstavbě úseků mezi Budějovicemi a Zvíkovem a mezi Omlenicemi a Pramhöfem. Ve středu náspu vedla trať tvořená kolejemi, umístěnými na příčných pražcích. Prostor mezi kolejnicemi byl vyštěrkován a překryt hrubým pískem pro snadný pohyb tažných koní. Vysoké náspy byly opatřovány oboustranně, na úbočích jednostranně, 95 cm vysokým dřevěným zábradlím. Na ochranu náspů proti podemílání vodou byly po obou stranách zřizovány příkopy a skrz ně na odvod vody zřizovány propustky a mosty.