Masarykovo zdymadlo je tvořeno přehradou v podobě čtyř polí pohyblivého jezu. Přehradu tvoří dvojitá tabule s možností zdvihu, upevněná mezi hranolovými pylony. Směrem k pravému břehu pod hrad Střekov navazují na jez dvě plavební komory oddělené zdí z kvádrového zdiva. Pylon mezi komorami je opatřen českým lvem a nápisem Masarykovo zdymadlo. Směrem k pravému břehu navazuje na jez objekt vodní elektrárny postavené na obdélném půdorysu s plochou střechou. Jednotlivé pylony jsou nahoře spojeny vodorovným břevnem. Níže je umístěna lávka umožňující překročit řeku nad šumícím vodním tokem.