Rozměrná podlouhlá stavba hlavního českobudějovického nádraží se nachází východně od historického jádra, cca 1 km od středu náměstí. Tato zhruba 120 m dlouhá symetrická budova je postavena v historizujícím slohu, kombinující prvky renesance a klasicismu a doplněný prvky vídeňské secese. Budějovické nádraží tvoří uliční čáru bloku Nádražní ulice, který je ohraničen Lannovou a Žižkovou třídou. Budova je tvořena centrální dvoupatrovou částí, ze které po stranách vybíhají na jih a na sever patrová podlouhlá křídla zakončená dvoupatrovými bloky. Na oba krajní bloky pak v linii zadní východní fasády navazují přízemní křídla technického zázemí pod prvním nástupištěm. Čtyři nástupiště v úrovni patra hlavní budovy jsou orientovány podélně mezi kolejišti, která leží východně od nádraží. Centrální část nádraží je hmotnější, předstupuje výrazně před spojovací křídla, mírněji vystupují krajní bloky. Celek působí dojmem souboru třech stojících hranolů spojených ležatými kvádry spojovacích křídel.