Nádraží Bubeneč vzniklo na trati dráhy Pražsko-drážďanské (součást Severní státní dráhy) v roce 1850. Nádražní budova (střední patrová budova s nízkou stanovou střechou) byla postavena a zprovozněna r. 1850 podle typového projektu arch. Antona Jünglinga, užitého i na jiných stavbách Severní státní dráhy (Záboří n. L., Zámrsk). Budova byla dále rozšířena r. 1899 (nižší přístavby čekárny, kanceláře, kryté nástupiště). Svými detaily dřevěných prvků se budova shoduje i s dalšími stanicemi na této trati (např. Praha-Sedlec). Obytná budova pochází patrně z konce 19. století. Přilehlý viadukt z r. 1850 (upraven 2014) nebyl prohlášen za kulturní památku.